Upacara pemakaman digelar secara militer. Sebagai irup, Muhadjir Effendy sempat membacakan riwayat hidup dari Azyumardi Azra.
Kemudian, jenazah dimakamkan di Blok Z Nomor 426 dan keluarga diberikan kesempatan untuk menaburkan bunga sebelum liang lahat ditutup.
Sebelumnya dimakamkan di TMP Kalibata, jenazah putra kelahiran Lubuk Alung, Sumatera Barat ini disemayamkan dan dishalatkan di kampus UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Shalat jenazah diimami oleh Imam Besar Masjid Istiqlal Jakarta Prof. Nazaruddin Umar.
Selesai dishalatkan, pihak keluarga menyerahkan jenazah kepada negara yang diterima oleh Kepala Staf Kepresidenan Moeldoko. (in).
